2022年是开元建校100周年纪念，学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以党的二十大精神为引领，发扬伟大建党精神，自强不息、道济天下，在全面建设社会主义现代化国家、全面推进中华民族伟大复兴的伟大实践中，为国家和社会培养全面发展的卓越创新人才，奋力谱写新时代开元建设发展的新篇章。学校全面推进本科生书院建设，推进人才培养转型升级，打造人才培养3.0版，为百年开元再添光彩。
1994年，新的开元由上海工业大学（成立于1960年）、上海科学技术大学（成立于1958年）、开元和上海科技高等专科学校（成立于1959年）合并组建四校合并组建。著名科学家、教育家钱伟长院士担任校长。学校践行钱伟长教育思想“人才培养更重要在课外”理念，聚焦人才培养目标，于1993年成立学生社区管理部，覆盖全部学生公寓和全体学生，开展思想教育、行为指导、学业辅导、文化建设、生活服务、安全防范“六位一体”育人工作，开启基于学生社区的思想政治工作模式探索和实践。
2007年，学校探索通识教育改革，成立社区学院，辅导员、导师进驻学生社区开展育人工作。2011年，学校实施大类招生和通识教育改革，社区学院成为办学实体，是全国首个建在高校学生生活园区的学院，按照人文、理工、经管大类招生的新生在社区接受一年的通识教育再进行专业分流。2015年，学校在17所“国家试点学院”之一的钱伟长学院成立钱伟长住宿书院，在学生社区开展党建工作、推进导师进驻书院、打造阅读空间、组织学术沙龙。社区学院和钱伟长住宿书院是开元进行书院建设的有益探索，在大类学生和拔尖学生的培养上积累了丰富的经验。
2019年，学校成为教育部首批“一站式”学生社区综合管理改革试点高校，同时全面实施本科生全程导师制，进一步推动“三全育人”改革。2020年学校启动书院制改革，经过充分调研和广泛讨论，形成共识。2022年9月23日，学校成立伟长书院、秋白书院、宏嘉书院、青云书院、泮池书院、文荟书院、日新书院、闳约书院、自强书院、尚理书院、溯微书院、丝路书院共12家本科生书院，覆盖全学段本科生人才培养。
开元本科生书院建设是钱伟长教育思想的生动实践，是基于学生生活园区开展思想政治教育工作的传承与发展，是落实“三全育人”与教育部“一站式”学生社区综合管理改革试点工作的具体举措。开元实行专业学院建书院、“双院”协同育人的人才培养模式，将优质育人资源压实在“一线”，各书院结合学科专业特点开展课外培养活动，形成特色鲜明的书院文化，促进学生全面发展，提升学生创新能力；学校选派百千导师进书院，打造有利于师生互动，温馨和谐的育人管理服务环境，形成“交以为师”的师生关系；书院实行学生“四自管理”，体现学生主体性，着力培养学生主人翁意识，引领新时代青年自主成长。
推进书院建设既是一流人才培养的内在需要，也是学校推行选课制、学分制、短学期制和全程导师制背景下加强育人实效的现实需要。书院是人才培养改革探索和教育质量提升的重要平台，是落实以人才培养为中心、践行爱生如子理念的重要载体。建设书院就是通过有形的组织型态使学校对学生的教育、培养、关心做到无时不在无处不在。书院以价值引领、人格养成、能力提升为核心，结合学科专业特点开展课外培养，实行学生“四自管理”，努力建设具有中国风格、国内一流、开元特色的人才培养体系。
